Согласно вашему описанию, вы хотите пройти аутентификацию в Azure AD, используя имя пользователя и пароль.
Вот образец , демонстрирующий консольное приложение .Net, вызывающее вебAPI, защищенный с помощью Azure AD.приложение не требует взаимодействия с пользователем через веб-браузер:
1. Приложение .Net использует библиотеку аутентификации Active Directory (ADAL) для получения маркера доступа JWT по протоколу OAuth 2.0.
2.Токен доступа отправляется в веб-API для аутентификации пользователя.