Вы добавляете ввод дважды.
StringBuffer buffer = new StringBuffer(input);
buffer.append(input)
Я предлагаю добавить его один раз.Я также предлагаю использовать StringBuilder, который заменил StringBuffer более десяти лет назад.
Scanner in = new Scanner(System.in);
StringBuilder buffer = new StringBuilder(in.nextLine());
int dollarIndex = buffer.indexOf("$");
buffer.setCharAt(dollarIndex, buffer.charAt(dollarIndex + 1));
buffer.setCharAt(dollarIndex + 1, '$');
System.out.println(buffer);
или в качестве однострочного
System.out.println(in.nextLine().replaceFirst("\\$(.)", "$1\\$"));