Я не совсем понимаю ваше первое утверждение "... Я использую предложение UNLOAD из informix db для экспорта 400 таблиц из БД, но некоторые (не все) из этих таблиц сохраняются в кодировке Western-1252в файлах .csv ... "
Кодировка формата выгрузки (в нашем случае 'csv') определяется последней частью переменной среды CLIENT_LOCALE.Если вы хотите, чтобы выгрузка происходила в UTF8, просто установите что-то вроде CLIENT_LOCALE = en_US.UTF8.Библиотека Informix GLS выполнит преобразование набора кодов между набором кодов вашей базы данных (заданным DB_LOCALE) и набором кодов, установленным в CLIENT_LOCALE.
Все файлы будут иметь одинаковую кодировку.