Highcharts для производительности использует ссылку на исходный массив данных.В своем коде вы редактируете второй уровень данных: lastColumn.value[1] += 100;
, что приводит к отсутствию изменений в параметрах во время обновления.
В этом примере представлена аналогичная ситуация: http://jsfiddle.net/BlackLabel/tf1csqeo/
Решение состоит в том, чтобы клонировать ваши данные перед их изменением:
handleClick = () => {
let newData = this.state.data.map(x => x.slice());
if (newData[newData.length - 1][1] < 450) {
newData[newData.length-1][1] += 100;
this.setState(
{
data: newData
}
);
}
};
Демонстрационная версия: https://codesandbox.io/s/6xv0kr3v0n
Как видите, анимация работает правильно.