Я тоже много с этим боролся.Посмотрим, поможет ли это вам.Я использую Windows, но принцип должен быть таким же.
1) Убедитесь, что PHP storm использует отредактированный вами php.ini.Он может быть другим.
Мои настройки php.ini xdebug:
[xdebug]
zend_extension="E:\Apache24\php\7.2.9\php_xdebug-2.7.0beta1-7.2-vc15-x86_64.dll"
xdebug.remote_autostart=0
xdebug.remote_enable = 1
xdebug.profiler_enable = 1
xdebug.profiler_enable_trigger = 0
xdebug.profiler_output_name = cachegrind.out.%t.%p
xdebug.profiler_output_dir ="E:\Apache24\php\7.2.9\tmp"
xdebug.remote_host=localhost
xdebug.remote_port=9000
xdebug.remote_handler="dbgp"
xdebug.show_local_vars=0
xdebug.profiler_append = 0
xdebug.idekey=xdebug
xdebug.remote_mode=req
2) Если вы видите это, торасширение установлено неправильно:
3) Проверьте, соответствует ли версия расширения xdebug вашей версии php.
4)Нажмите кнопку «Отладка», а не «Выполнить»
5) Хорошо работает с точками останова: