Вы можете использовать .unstack()
, чтобы превратить их в серию MultiIndex
ed, сбросить нули, а затем просто взять np.array
или список:
In [69]: df[['col1', 'col3']].unstack().dropna().values
Out[69]: array(['a1', 'b1', 'c1', 'a3', 'c3'], dtype=object)
In [70]: df[['col1', 'col3']].unstack().dropna().tolist()
Out[70]: ['a1', 'b1', 'c1', 'a3', 'c3']