Подробнее о формате см. ?strptime
as.Date(x, "%d%b%Y:%H:%M:%S")
#[1] "2016-01-11"
Или, если хотите, в формате даты и времени
as.POSIXct(x, format = "%d%b%Y:%H:%M:%S")
#[1] "2016-01-11 GMT"
С lubridate
library(lubridate)
dmy_hms(x)
#[1] "2016-01-11 UTC"
и если вам нужна только дата
ymd(dmy_hms(x))
#[1] "2016-01-11"
, данные
x <- "11JAN2016:00:00:00.000"