Кто-то ответил на вопрос, но, похоже, ответ был удален.
Как показано на справочной странице rsync, ./
может использоваться для контроля объема контекста пути, создаваемого в цели.
В моем случае правильный вызов был бы:
rsync -a joe@remote:/foo/bar/./baz b