Пакет аварийного восстановления с внешним интерфейсом MPI - PullRequest
Новая
       87

Пакет аварийного восстановления с внешним интерфейсом MPI

0 голосов
/ 25 февраля 2019

Я пытаюсь установить пакет spack в кластере, и если я использую 

spack install namd

Загрузите Spack и установите свой собственный интерфейс MPI.Поскольку это кластер, я хочу использовать собственный интерфейс MPI, персонализированный администратором для быстрой работы на конкретном компьютере.Как можно сказать, чтобы spack использовал уже установленный интерфейс MPI (то есть openmpi или mpich)?

Кстати, я очень новичок в spack.Спасибо!

1 Ответ

0 голосов
/ 25 февраля 2019

ОК, я уже понял это, прочитав эту страницу из паутины.Мне нужно создать файл конфигурации с spack config edit packages и добавить что-то вроде 

packages:
  openmpi:
    buildable: False
    modules:
      openmpi@3.1.3%gcc@8.2.0 arch=linux-x86_64-centos7: /opt/modules/mpi/gcc/8/openmpi/3.1.3
all:                                                                                                                                                                                         
    compiler: [gcc@8.2.0]                                                                                                                                                                      
    providers:                                                                                                                                                                                 
      mpi: [openmpi@3.1.3]

На самом деле мне нужно сначала загрузить /opt/modules/compiladores/gcc/8, чтобы сделать /opt/modules/mpi/gcc/8/openmpi/3.1.3 видимым, поэтому мне нужно что-то вроде 

packages:
  openmpi:
    buildable: False
    modules:
      openmpi@3.1.3%gcc@8.2.0 arch=linux-x86_64-centos7:
        - /opt/modules/compiladores/gcc/8
        - /opt/modules/mpi/gcc/8/openmpi/3.1.3

Но это не работает, поскольку для него требуется несколько внешних модулей, и невозможно указать более одного (см. здесь ).

Кроме того, spack неиспользуйте внешний модуль, он создает внутренний, копируя и анализируя.Он будет игнорировать зависимости модуля или переменные среды от исходного внешнего модуля, которые могут быть важны.modules.yaml также необходимо правильно настроить для установки или добавления переменных среды.

...