Если предположить, что время является монотонным в вашем файле, и XXX - это первый индекс, где doy равен 101, а YYY - последний индекс doy, равный 101, то что-то вроде этого приведет к гиперразрыву всех значений doy = 101:
ncks -d time,XXX,YYY in.nc out.nc
XXX и YYY можно найти, просто пролистывая текстовый вывод, например,
ncks -v doy -C --trd in.nc | more
В руководстве объясняется значение всех параметров.