Я не совсем понял, какую логику вы хотите, но вы могли бы поместить любую логику в метод, подобный этому:
c.CreateMap<A, B>()
.ForMember(dest => dest.Items, opt => opt.ResolveUsing(src =>
{
if (src.Items["param1"] == true)
{
// Do whatever
}
return /*do whatever else*/;
}));
Это то, что вы хотите, или я неправильно понял вопрос?
Редактировать: Я попробую еще раз:
var result1 = dbContext
.Set<EntityA>()
.Where(...)
.Select(c => mapper.Map<A>(c))
.ToList();
Однако все еще не совсем понимаю, чего вы хотите.Можете ли вы привести пример с данными, например, какой набор должен быть преобразован в какой?