Atom основан на Electron, который интегрирует свое собственное приложение Node.js.Вы можете запустить свой скрипт с помощью встроенного в Atom движка Node.js, указав прямо на него.
Например, в Linux вы можете сделать:
$ /usr/share/atom/resources/app/apm/bin/node r.js -o build.js