Вам нужна система контроля версий. Первый выбор - SVN. У него есть хороший плагин Eclipse (http://subclipse.tigris.org/).. Вы можете найти бесплатный svn-хосинг (Google Code, Source Forge, Open SVN, сборка). SVN - централизованная система - вам нужен сервер.
Новые тенденции говорят о том, что распределенные системы контроля версий лучше. Вам не нужен сервер. Три самых популярных - это Git, Mercurial и Bazaar. У них есть плагины проводника (черепаха ...) и, возможно, плагины затмения. Они тоже работают с серверами, но общий диск тоже хорош. Код Google предоставляет сервер Mercurial, но вы можете найти бесплатный шланг.
В проектах Flex не следует указывать версию .settings папку и файлы:
.actionScriptProperties
.flexProperties
.project