Создайте самозаверяющий сертификат для использования разработчиком, присвоив ему то же имя, что и производственный сертификат, не стесняйтесь даже проверять его в системе контроля версий.Измените файл проекта, чтобы иметь настраиваемый шаг сборки только для Отладки конфигураций, которые будут подписываться с использованием стандартных методов (не используя инструменты подписи, скажем, от Symantec), но с самозаверяющим сертификатом.Вы можете сделать это в пользовательском интерфейсе, в противном случае измените .csproj напрямую, чтобы включить пользовательский шаг msbuild.
Сервер сборки будет продолжать собирать и подписывать его любыми доступными вам средствами, в том числе с помощью сертификата нафлешка.Это позволит серверу CI официально создавать и подписывать, сохраняя сертификат в секрете.