Ну, вы можете использовать свойства или вы можете использовать java.util.Preferences. Я предпочел бы (не каламбур) абстрагировать их - или написать PropertyPreferencesAdapter и использовать Preferences в качестве API. Таким образом, если вы захотите переключиться позже, это будет намного проще.
Вы также можете использовать что-то вроде JDNI, чтобы найти настройки позже (я сомневаюсь, что это с учетом того, что вы сказали), и в этом случае я, вероятно, расскажу дальше.
Эта статья несколько обсуждает тему (не совсем то, что вы спрашиваете, но неплохая информация).