Измените свой индекс на:
var index = element.index();
, и если вы хотите получить точность
if(element.siblings().length) {
var eq = ':eq('+index+')';
} else {
var eq = (index > 0 && index != 0) ? ':eq('+index+')' : '';
}
, чтобы получить li, вам нужно вызвать getElementDOM для элемента, по которому щелкнули
var inner = getElementDOM(element);
и затем добавьте его в конец дерева tree+= inner;
используйте оператор >
для дальнейшей дифференциации ваших элементов
if(dom != "HTML") dom = "> "+dom;
демо