Я предполагаю, что вы хотите переместить корень вашего основного домена в /public_html/master.com и оставить домены аддонов в /public_html/addon.com?
Я сделал это в какой-то момент, но ябыла какая-то проблема с подписью или перенаправлением SSL-сертификата, я точно не помню, что это было.
Я закончил тем, что изменил свои домены аддона, чтобы их корни были выше / public_html /:
/public_html/ - my master root
/addon1.com/ - root for addon domain 1
/addon2.com/ - root for addon domain 2
Единственным недостатком этой структуры является то, что все системные папки cpanel находятся рядом с папками моего домена.
.cpanel
.htpasswds
.trash
addon1.com
addon2.com
public_ftp
public_html