Я смог предоставить информацию в пункте 2, ответив в первую очередь на вопрос.
В самом запросе нужно сделать:
request.setGoals(Collections.singletonList("archetype:generate -DgroupId=.....");
Тогда есливы смотрите на api docs, есть конструктор командной строки, который я раньше не замечал: https://maven.apache.org/shared/maven-invoker/apidocs/index.html
MavenCommandLineBuilder mavenCmd = new MavenCommandLineBuilder();
Установите для этого mavenCmd необходимые конфигурации, такие как базовый каталог, путь к исполняемому файлу maven и т. д.
Затем вы можете отправить ему ранее созданный запрос, например:
Commandline result = mavenCmd.build(request);
Чтобы ответить на мой первый вопрос, я закончил тем, что удалил сам параметр настройки pom, потому что извлекал его удаленно и упомянулархетип в команде, которую я отправил mavenCmd.Возможно, есть и лучший способ, но у меня это сработало, и у меня все хорошо.