NetworkX - это удивительная библиотека сетевых графов, в которой вы можете создавать изображения графиков и деревьев.
Я бы еще раз взглянул на Graphviz, из моего ограниченного опыта, вывод по умолчанию не так уж и хорош, но, немного поработав, вы можете оформить его , чтобы выглядеть намного лучше. *
Другой вариант - Gephi - я никогда не использовал его, но он работает на Linux.