Из кода, который вы предоставляете, кажется, вы пытаетесь загрузить реактивную функцию внутри себя.
правильная форма будет выглядеть примерно так:
Index_Percent <- reactive({input$IndexWeight})
TBA_Index_Data <- reactive({
# these variables are reactive functions? if so, you need to add () as well.
table <- left_join(TBAData_Gathered,Index_Weights)
table$Index_Percentage[table$cusip == "Cash"] <- Index_Percent()
table
})