Вам необходимо выполнить команду VACUUM;, чтобы освободить место в вашей базе данных sqlite.
По умолчанию sqlite назначает пространство удаленных строк «свободной странице» и повторно использует пространство при вставке новых строк.
Также см. этот учебник
Не уверен, что ответил на ваш вопрос, потому что я не понимаю, почему вы говорите о памяти и реестре.Но если вы имели в виду дисковое пространство, это поможет вам.