Я думаю, вам просто нужно указать, что числовая обратная сортировка применяется только к первому полю:
$ sort -k1,1nr file
6 aaa
4 bbb
2 ccc
2 ddd
-k1,1[OPTS]
означает, что OPTS применяется только между 1-м и 1-м полем.Остальная часть строки сортируется в соответствии с глобальными параметрами заказа.В этом случае, поскольку никакие другие параметры не были переданы, это означает лексикографическую сортировку по умолчанию.