Что-то вроде
paths <- list.files(mydir, pattern = ".json$", full.names = TRUE, recursive = TRUE)
content <- lapply(paths, jsonlite::fromJSON)
names(content) <- paths
должно помочь вам начать, он использует пакет jsonlite
, mydir
- каталог, в который загружаются ваши jsons.content
будет именованным списком с содержимым файлов в качестве элементов.