Два варианта
1. Поставьте их под контроль версий.
При следующей проверке разработчиков папки будут созданы. То, как вы добавите их в VC, зависит от природы используемого вами инструмента, но многие инструменты требуют, чтобы каталоги содержали файл (возможно, скрытый).
Это прекрасно работает, если папки находятся в дереве исходных текстов. У вас также есть возможность на Unix-подобной ОС мягкую ссылку из дерева исходных текстов в хорошо известное место за пределами дерева исходных текстов. В зависимости от системы VC (мы используем Mercurial), вы можете сделать программную ссылку версионным элементом.
2. Создайте их при запуске процесса
Если вы собираетесь это сделать, вы можете пройти лишнюю милю и сделать их местоположение настраиваемым параметром. При запуске прочтите файл конфигурации, создайте папки и продолжайте.