Ваш слой для встраивания определяется как:
# Encoder
encoder_inputs = Input(shape=(None,))
enc_emb = Embedding(num_encoder_tokens, latent_dim, mask_zero = True)(encoder_inputs)
Индекс токена 0 считается специальным значением (без ввода);поэтому вам нужно определить Embedded с помощью num_encoder_tokens + 1.
Вы уже добавляете 1 к num_decoder_tokens;вам нужно сделать то же самое для num_encoder_tokens.