Вы можете использовать IN
для сравнения с несколькими значениями, например:
$enrollQuery = "select variation_value
from product_map
where parent_sku =:parent_sku and variation_type IN('classification', 'test')
and variation_value <>'' group by variation_value";
Для php вы можете связать его с различными переменными и использовать в запросе, например variation_type IN(:classification_type, :test_type)
Обновление
Вы можете передать два значения в качестве разных параметров, например:
$classification_variation_type = 'classification';
$test_variation_type = 'test';
$enrollBind = array('parent_sku' => $currentSku,'classification_variation_type' => $classification_variation_type, 'test_variation_type' => $test_variation_type);
$enrollQuery = "select variation_value
from product_map
where parent_sku =:parent_sku
and variation_type = IN(:classification_variation_type, :test_variation_type)
and variation_value <>''
group by variation_value";