Порядок в списке понимания неправильный.Вот правильное решение:
In [5]: a = [
...: [(1, 2), (11, 22), (111, 222)],
...: [(3, 4), (33, 44), (333, 444)],
...: [(5, 6), (55, 66), (555, 666)]
...: ]
...:
...: b = [j for x in a for y in x for j in y]
...:
...:
...:
In [6]:
In [6]: b
Out[6]: [1, 2, 11, 22, 111, 222, 3, 4, 33, 44, 333, 444, 5, 6, 55, 66, 555, 666]
In [7]: sorted(b)
Out[7]: [1, 2, 3, 4, 5, 6, 11, 22, 33, 44, 55, 66, 111, 222, 333, 444, 555, 666]
Вот SO-обсуждение, объясняющее понимание вложенного списка: Объяснение того, как работает понимание вложенного списка?