Я думаю, что у вас может быть слишком много столбцов, вы могли бы пройти курс размерности . Ссылка на Википедию
[...] Общая тема этих проблем заключается в том, что при увеличении размерности объем пространства увеличивается настолько быстро, что доступные данные становятся разреженными.Эта редкость проблематична для любого метода, который требует статистической значимости.Чтобы получить статистически достоверный и надежный результат, объем данных, необходимых для поддержки результата, часто растет экспоненциально с размерностью.[...]
Чтобы решить эту проблему, рассматривали ли вы сокращение столбцов, используя только соответствующие столбцы?Проверьте еще раз эту ссылку на Википедию
[...] Функция проекции преобразует данные в многомерном пространстве в пространство меньшего размера.Преобразование данных может быть линейным, как в анализе главных компонентов (PCA), но также существуют многие методы нелинейного уменьшения размерности.[...]