Вы можете заполнить нулями один из массивов.
import numpy as np
n = max(len(a), len(b))
a_pad = np.pad(a, (0, n - len(a)), 'constant')
b_pad = np.pad(b, (0, n - len(b)), 'constant')
ans = a_pad - b_pad
Здесь второй аргумент np.pad
(#of left pads, #of right pads)