Используйте nameref для выполнения косвенного назначения.
while read -r value name; do
declare -n var=name
var=$value
done
declare +n var # optional; makes var stop being a nameref
До bash
4.3 вы могли использовать declare
более широко (но немного более хрупко).
while read -r value name; do
declare "$name=$var"
done < file