Вам нужно передать переменные, как показано ниже
$prog = 'pathtopythonfile/filename.py '.$variable1.' '.$variable2;
shell_exec($prog);
внутри файла Python, вы можете получить переменные, как показано ниже
import sys
var1 = sys.argv[1]
var2 = sys.argv[2]