Это зависит от того, какие команды вы хотите запустить, но я думаю, что одним из решений будет создание пакетного сценария, выполняющего эти две команды одну за другой.
Или вы можете попытаться написать вторую команду на вводе вашего первого подпроцесса, например:
pipe = subprocess.Popen('first command', shell=True, stdin=subprocess.PIPE)
pipe.communicate(input='second command')
, но я не уверен, что это сработает, поскольку процесс завершится сразу послепервая команда завершение?
РЕДАКТИРОВАТЬ: добавить отступ