Вы можете оставить последовательный порт открытым для последовательности команд, используя подоболочку и перенаправляя вывод подоболочки.
Но пакетный режим действительно не подходит для взаимодействия через последовательный порт.Выберите язык программирования, который позволяет удерживать дескриптор последовательного порта и не зависит от перенаправления.