Есть вероятность, что pymysql есть в ваших системных пакетах.Поэтому, когда вы создавали виртуальную среду, она использовала системный пакет.
Создайте чистую virtualenv, используя
virtualenv --no-site-packages envname
Или вы можете использовать текущую, с
pip install pymysql --no-deps --ignore-installed