Я нахожу решение моей проблемы.Имя свойства PostBuildEvent .Код ниже установит для свойства значение, определенное в Команда .
public void ProjectFinishedGenerating(Project project)
{
string command = "C:\myprogram.exe"
envDTE = project.DTE;
EnvDTE.Properties configmg = project.Properties;
configmg.Item("PostBuildEvent").Value = command;
}