Исходя из идеи, что репозитории должны использоваться только внутри служб, а службы используются для взаимодействия с другими уровнями системы, я бы сказал, что в большинстве случаев должно быть достаточно служб тестирования.
Я бы не стал тестировать стандартные методы репозитория, такие как findAll или findBy .., они уже были протестированы, и цель состоит не в тестировании JPA, а в приложении.
Единственные методы репозитория, которые должны иметь прямые тесты, - этоте с пользовательскими запросами.Эти запросы могут находиться в общей библиотеке, и неэффективно писать похожие тесты для разных проектов (в этом случае регрессия является большой проблемой)