Вы не можете попасть туда без подавления предупреждений.Вам либо приходится иметь дело с ошибкой времени компиляции, препятствующей созданию массива универсального типа, или с текущим предупреждением.
Ближайшая альтернатива - заставить ваш метод возвращать тип коллекции:
protected final List<Class<? extends MyBaseClass>> getClasses() {
return Arrays.asList(MyClass1.class, MyClass2.class);
}