Вы говорите, чтобы отменить действие щелчка, но вы останавливаете распространение события изменения.Лучше всего просто проверить, что нажали и посмотреть, является ли это вход.
function tempParent(event) {
if (event.target.closest('.checkbox-primary')) {
return
}
console.log("here");
}
<div id="parent" onclick="tempParent(event)">
<div class="checkbox margin-top-0 checkbox-primary">
<input id="indChk2" type="checkbox" id="child" >
<label for="indChk2" >FOO</label>
</div>
<p>BAR</p>
</div>