Я не уверен, как вы работаете, но вы могли бы:
1. Запустите планировщик изнутри, где бы вы ни работали, а затем подключитесь к нему через удаленное взаимодействие из потока пользовательского интерфейса, чтобы запланировать работу.
2. Запустите планировщик как службу Windows, а затем подключитесь к нему через удаленное взаимодействие из потока пользовательского интерфейса, чтобы запланировать задание.
3. Напишите простое консольное приложение, которое запускает планировщик и предоставляет его через удаленное взаимодействие. Затем подключитесь к нему из потока пользовательского интерфейса, чтобы запланировать свою работу.
Взгляните на ответ, который я написал ранее, с некоторыми примерами кода:
https://stackoverflow.com/questions/1356789/quartz-net-with-asp-net/. Надеюсь, это будет полезно.