Разница между изменением размера изображения и изменением пространства - PullRequest
Новая
       33

Разница между изменением размера изображения и изменением пространства

0 голосов
/ 27 февраля 2019

Мое текущее изображение имеет размер (240, 240, 155) с интервалом вокселей (1, 1, 1).Мое окончательное изображение должно быть (128, 128, 128) с интервалом вокселей (1,5, 1,5, 1,5).Есть ли способ понять это явление изменения размера с интервалом вокселей?Я попробовал следующее, но это было недостаточно для меня. 

import SimpleITK as sitk
import numpy as np
from skimage.transform import resize

def resize_image(image, old_spacing, new_spacing, order=3):
new_shape = (int(np.round(old_spacing[0]/new_spacing[0]*float(image.shape[0]))),
             int(np.round(old_spacing[1]/new_spacing[1]*float(image.shape[1]))),
             int(np.round(old_spacing[2]/new_spacing[2]*float(image.shape[2]))))
return resize(image, new_shape, order=order, mode='edge', cval=0, anti_aliasing=False)
file_path = 'some_file'

itk_image = sitk.ReadImage(file_path)
spacing = np.array(itk_image.GetSpacing())[[2, 1, 0]]
spacing_target = (1.5, 1.5, 1.5)
image = sitk.GetArrayFromImage(itk_image).astype(float)
if np.any([[i != j] for i, j in zip(spacing, spacing_target)]):
    new_image = resize_image(image, spacing, spacing_target).astype(np.float32)

1 Ответ

0 голосов
/ 01 марта 2019

Новый интервал вокселей будет определять новые размеры изображения.

spacing = itk_ct_scan.GetSpacing()
size = itk_image.GetSize()
new_spacing = [1.5,1.5,1.5]
new_size = (np.round(size*(spacing/np.array(new_spacing)))).astype(int).tolist()

Вы можете изменить размер изображения до необходимого расстояния между вокселями, повторно сэмплировав 

resampled_img = sitk.Resample(itk_image, new_size, sitk.Transform(),
sitk.sitkNearestNeighbor, itk_image.GetOrigin(), new_spacing,
                              itk_image.GetDirection(), 0.0, itk_image.GetPixelID())

Однако, если вы хотите новое изображение требуемого размера, вы можете использовать 

resampled_img = sitk.Resample(itk_image, [128, 128, 128], sitk.Transform(),
sitk.sitkNearestNeighbor, itk_image.GetOrigin(), new_spacing,
                              itk_image.GetDirection(), 0.0, itk_image.GetPixelID())
...