Если я вас правильно понял, числовые значения в вашем списке кортежей не влияют на ваш результат, поскольку вы ищете только строки, которые начинаются с самых распространенных первых двух символов.
Следующий код сделает это:
from collections import defaultdict, Counter
# Your list
tuples = [
('Confidence', 1), ('Malicious', 1), ('Gen3', 1), ('Filecoder', 1),
('Score', 1), ('Wanacrypt', 1), ('Engine', 1), ('Eqmtct', 1),
('Wannacryptor', 1), ('Aiqcm', 1), ('Wannacrypt', 1), ('Wcryg', 1),
('Cbvj', 1), ('Farfli', 1), ('Wanna', 1), ('Wisdomeyes', 1),
('Wannacry', 1), ('High', 1), ('Static', 1), ('Wcry', 1)
]
# Calculate which initial is more ocurrent
values = [t[0] for t in tuples]
initials = defaultdict(int)
for v in values:
initials[v[:2]] += 1
initial_str = Counter(initials).most_common()[0][0]
# Creates a list with values that start with the most occurrent initial string
results = [v for v in values if v.startswith(initial_str)]
print(results)