Если у вас есть коэффициент, вы можете просто поменять эти уровни
l <- levels(df$Loc)
l[l %in% c("A", "N")] <- c("N", "A")
df
# ID Loc
# 1 1 A
# 2 2 N
# 3 3 A
# 4 4 H
# 5 5 H
Данные:
df <- structure(list(ID = 1:5, Loc = structure(c(3L, 1L, 3L, 2L, 2L
), .Label = c("A", "H", "N"), class = "factor")), .Names = c("ID",
"Loc"), class = "data.frame", row.names = c(NA, -5L))