ILMerge объединяет только управляемые сборки, здесь , чтобы процитировать их страницы загрузки, ' ILMerge - это утилита для объединения нескольких сборок .NET в одну сборку .NET '.
Я не видел, чтобы управляемая сборка сливалась с собственным двоичным файлом. Технически, вы могли бы объединить их как таковые, включив неуправляемый двоичный файл в качестве встроенного ресурса, но загрузив встроенный ресурс в память в виде двоичного кода - я раньше такого не видел. Я попробовал эту технику, используя карты памяти, но не смог.
Другой способ проверки состоит в том, чтобы просмотреть сам двоичный файл, если он имеет 15-ю запись в каталоге данных и отличен от нуля, то это двоичный файл .NET, у собственных двоичных файлов этого нет. См. здесь , где я разместил ответ на аналогичный вопрос.
Надеюсь, это поможет,
С наилучшими пожеланиями,
Том.