Когда вы пытаетесь разделить пустую строку, возвращается пустой список:
>>> ''.split()
[]
По этой причине при попытке доступа к temp[0]
выдается исключение IndexError
, и ваша обработка останавливается.Вы можете исправить это так:
if not line: # line is blank
continue