Что-то вроде приведенного ниже кода должно работать для того, что вам нужно.
private void MenuFlyout_Opened(object sender, object e)
{
MenuFlyout f = sender as MenuFlyout;
Style s = new Windows.UI.Xaml.Style { TargetType = typeof(MenuFlyoutPresenter) };
s.Setters.Add(new Setter(MinHeightProperty, "200"));
s.Setters.Add(new Setter(MinWidthProperty, "200"));
f.MenuFlyoutPresenterStyle = s;
}