Распространенная причина проблемы:
Несвязанный репозиторий git (папка ".git") в подпапке не позволяет главному репозиторию git отслеживать эту подпапку.
Существует дваВозможные решения:
1) Простое исправление: использование только основного репозитория - удалить папку «.git» в «проблемной» подпапке
Будьте осторожныне удалять папку .git основного репозитория, если это возможно, скопировать то, что вы намерены локально удалить в качестве резервной копии - на всякий случай
[Эта идея была предложена @neoneye здесь Как отследить неотслеживаемый контент?]
2) Использование подмодуля : Использование подмодуля git может оказаться подходящим решением.Чтобы получить информацию об этой опции, вы можете найти соответствующую статью https://medium.com/@porteneuve/mastering-git-submodules-34c65e940407 очень полезной.