Трудно сказать, не видя полного кода, может быть, что-то в этом роде?
<!-- Instead of H3 tag here, use P tag with css class and change the font size with css -->
<h3><?php the_sub_field('subheading'); ?></h3>
<!-- count the heading elements -->
<?php $headings = count( get_sub_field( 'heading' ) ); ?>
<!-- Condition here if heading 1 echo H1 else echo H2 -->
<?php echo ($headings == 0) ? '<h1>' . the_sub_field('heading') . '</h1>' : '<h2>' . the_sub_field('heading') . '</h2>' ?>
<p><?php the_sub_field('description'); ?></p>
<!-- Your rest of code -->
Кроме того, по причинам SEO и доступности, ваша HTML-разметка должна учитывать "семантику" вашего заголовкатеги .. поэтому не используйте тег H3 перед тегом H1.