Лично я бы бросил строки типа "Window1.Top = 40" в конструктор после вызова InitializeComponent (). Это обязательно будет вызвано до того, как окно будет отображено.
Редактировать: Упс. Я должен был прочитать более внимательно.
Вы пытаетесь установить положение окна в каком-либо классе, отличном от самого окна? Мое предложение будет работать, если вы сможете установить положение Window1 из конструктора Window1.
В противном случае, я бы сказал, что лучшее, что вы можете сделать, - это прослушать событие Loaded окна и установить позицию оттуда.