Я не думаю, что есть какие-либо эмпирические доказательства того, что это плохо для поисковых систем, но это определенно плохая практика. У него даже есть собственное прозвище -> divitis
Как правило, это происходит из-за незнания того, что можно сделать с помощью CSS. Конечно, иногда со сложными макетами вам может понадобиться вложить div, и это нормально, у вас не может быть идеально семантических веб-сайтов все время. Но я обнаружил, что независимо от сложности любого макета, мне никогда не приходилось углубляться более чем на 2 или 3.
На самом деле наиболее распространенным видом вложенности является контейнер всего тела для центрирования макета - это часто происходит, потому что, например, если у вас есть 3 элемента div в корне и все три центрированы из-за ошибок округления они могут быть на пикселе друг от друга в окнах разных размеров.
Надеюсь, это поможет.