TLDR; перезагрузите сервер после обновления до Stretch.
Ваша проблема похожа на ту, с которой я столкнулся.Я получил следующую ошибку:
OCI runtime create failed: container_linux.go:345: starting container process caused "error loading seccomp filter into kernel: invalid argument": unknown
Проблема возникла после обновления с Jessie до Stretch и установки новой копии Docker (https://docs.docker.com/install/linux/docker-ce/debian/).
Я считаю, что ваша проблема похожа, потому что ваш докервывод информации показывает
Kernel Version: 3.16.0-7-amd64
и для меня:
# uname -a
Linux debian 3.16.0-7-amd64 #1 SMP Debian 3.16.59-1 (2018-10-03) x86_64 GNU/Linux
Stretch должен использовать более позднюю версию ядра, чем эта, поэтому исправление было:
# reboot
# uname -a
Linux debian 4.9.0-9-amd64 #1 SMP Debian 4.9.168-1+deb9u2 (2019-05-13) x86_64 GNU/Linux